Urho Kekkosen arkistoa ylläpitää Tasavallan Presidentin Arkistosäätiö, jonka asioita hoitaa hallitus, johon kuuluu kuusi jäsentä. Hallituksen kokoonpano on vuodesta 2018 ollut:

Toimitusjohtaja Timo Kekkonen (puheenjohtaja)
Hallituksen puheenjohtaja Antti Herlin
Professori Juhani Suomi
Valtioneuvos Matti Vanhanen
Päätoimittaja Janne Virkkunen
DI Tommi Kekkonen

Arkistosäätiön hallitus valitsee säätiön asiamiehen sekä muut toimihenkilöt. Asiamies toimii hallitusten kokousten sihteerinä ja vastaa hallituksen päätösten toteuttamisesta.

Asiamiehenä on vuodesta 2012 toiminut oik. kand. Markku Savikko.

Urho Kekkosen arkiston vastuunalaisena johtajana toimii päätoiminen arkistonjohtaja, joka johtaa tutkijapalvelua kokoelmien järjestelyä ja luetteloimista sekä esittelee tutkimuslupa-asiat säätiön hallitukselle. Arkistonjohtajana on vuodesta 1995 ollut FM Pekka Lähteenkorva. Tutkijana on vuodesta 2019 ollut VTM Tapio Enberg.